1、撤稿率高于非OA期刊
有数据显示，2022年Gold OA的撤稿率为108.52篇/万篇，约为非OA撤稿率（12.74篇/万篇）的8倍。不过这一峰值与当时针对“论文工厂”、同行评审操控等问题的集中排查行动密切相关，更多反映的是既有问题的集中清理，而非OA模式的结构性失控。随着出版机构完善审稿流程，撤稿数量已逐步下降。
2、部分高校和单位存在OA限制
近年来，OA期刊大量出现学术不端问题，例如Hindawi因论文工厂渗透遭遇大规模撤稿，Wiley已宣布停止使用该品牌；Predatory Reports将MDPI所有422本期刊拉入黑名单，涉嫌引用操纵；Frontiers旗下部分期刊中中国作者占比高达70%，审稿流程混乱饱受诟病。
国内已经有部分机构将Hindawi、MDPI、Frontiers三家出版商旗下共计1301本期刊纳入预警，明确“三不”原则——不奖励、不资助、不积分，这些论文在职称晋升、项目结题、人员考核中“发表即无效”。
3、版面费确实不菲
2025年数据显示，中国学者共发表105万余篇论文（占全球近30%），其中OA期刊版面费支出惊人：Scientific Reports一年从中国学者手中收取约3亿人民币，Nature Communications约2.4亿，Frontiers in Immunology、Advanced Science、Applied Sciences等也均超过1亿。
国内已经有机构明确不再报销这些高收费的OA期刊的版面费，防止科研经费的巨额外流。
